Metoda FUE, „Follicular Unit Extraction" se vyvinula z metody FUT. Z odběrové oblasti v týlním vlasovém věnci, který se celý před zákrokem vyholí, se vyberou z různých míst malou speciální frézkou jednotlivé štěpy – folikulární jednotky o velikosti zhruba 1 mm. Tímto způsobem jsou takto vyříznuté vlasové folikuly transplantovány přímo do příjmové oblasti.
Metoda je velmi pracná a náročná s rizikem velkých ztrát. Při způsobu odběru jednotlivých štěpů mohou být takto odebrané vlasové kořínky (folikuly) jednoduše poničeny, neboť směr růstu kořínků je těžko odhadnutelný. Velmi často dochází k jejich poškození a tím znehodnocení folikulární jednotky. Průměrná ztráta může dosahovat až 30% vlasových folikulů, a proto na ni kliniky neposkytují doživotní záruku.
